Durch das Universitätgesetz 2002 gilt die Universität als Betrieb im Sinne des § 34 Arbeitsverfassungsgesetz (ArbVG). Dementsprechend wurde laut § 135 unter anderem auch an der Medizinischen Universität Wien je ein Betriebsrat für das wissenschaftliche und künstlerische sowie für das allgemeine Universitätspersonal installiert. Ebenso können Behindertenvertrauenspersonen und Jugendvertrauensräte gewählt werden.
Der Betriebsrat hat die Aufgabe, die wirtschaftlichen, sozialen, gesundheitlichen und kulturellen Interessen der Arbeitnehmer:innen im Betrieb wahrzunehmen und zu fördern und darauf zu achten, dass die zugunsten der Bediensteten geltenden Gesetze, Verträge, Erlässe und Verordnungen eingehalten und durchgeführt werden. Der Betriebsrat ist nicht weisungsgebunden und trifft als Kollegialorgan seine Entscheidungen mit der Mehrheit seiner Mitglieder. Diese sind ehrenamtlich und unentgeltlich tätig.
Im Konkreten verhandelt der Betriebsrat Betriebsvereinbarungen (innerbetriebliche Regelungen wie z.B. Datenschutz oder Gleitzeit) und sorgt für deren Einhaltung. Er macht Vorschläge zur Verbesserung der Arbeitsbedingungen und der Sicherheit, hat Mitspracherecht bei der Gestaltung der Arbeitsplätze, ebenso bei Personal- und Wirtschaftsangelegenheiten. Er nimmt Stellung zu Kündigungen und Entlassungen und kann diese bei Gericht anfechten. Unter bestimmten Voraussetzungen kann er Versetzungen verhindern, zudem muss er über alle die Arbeitnehmer:innen betreffenden Angelegenheiten informiert werden. Der Betriebsrat sorgt für größtmögliche Transparenz und Information für alle Mitarbeiter:innen. Jede:r Mitarbeiter:in hat die Möglichkeit, sich an die:den Betriebsrät:in ihres:seines Vertrauens zu wenden. Der Betriebsrat ist zur Verschwiegenheit verpflichtet und vertritt nur nach Beauftragung.
Der Betriebsrat für das wissenschaftliche und künstlerische Universitätspersonal setzt sich aus Universitätsprofessor:innen, Universitätsdozent:innen, wissenschaftlichen und künstlerischen Mitarbeiter:innen im Forschungs-, Kunst- und Lehrbetrieb (auch Lektor:innen und Studienassistent:innen) zusammen. Zusätzlich werden noch die Ärzt:innen in Fachausbildung und aus sachlogischen Gründen auch die Ärzt:innen gem. UG02 §94, 3(5) („Stationsärzt:innen“), die in allen anderen Belangen zum allgemeinen Universitätspersonal gezählt werden, vertreten.